Entre os vários fatores estratégicos envolvidos no complexo e gigantesco universo natural do Rio São Francisco, está o seu uso como meio de transporte de mercadorias e de gente, por ser uma proveitosa via natural. Sua característica de grande curso d’água navegável que une partes longínquas do Brasil, rendeu-lhe o título de rio da integração. A despeito do histórico brasileiro de investimentos em grandes rodovias paralelas a locais navegáveis, a Bacia do São Francisco preserva importantes atividades de navegação e em alguns trechos o rio é a principal via de acesso das populações ribeirinhas. É o caso do canal do Guaxinim em Xique-Xique (BA), na região fisiográfica do Médio São Francisco, um canal natural de 3.600 metros por onde circulam dezenas de barcos todos os dias.
